X档案关闭后，穆德（David Duchovny 大卫?杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲?安德森 饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书。　　某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，…

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。…

美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，…

Shadow Moon是一位新近获释的罪犯，但现在他只想和妻子过平静的生活，可是她却在一次可怕的事故中丧生。在葬礼中，一场猛烈的暴风雨袭击了飞机，他旁边的座位上有个陌生人在迎接他。这个人自称是 Mr. Wednesday，他对Shadow Mo…

欧帝斯固然缺乏性经验，他的母亲可是一名性治疗师。他决定将母亲的衣钵发扬光大，於是在就读的摩尔戴高中设立性爱治疗谘询服务，造福无可救药的同学。他们水乳交融，其乐无穷，一起渡过人生最灿烂的时光。

围绕不善社交的高中生奥蒂斯·米尔本展开，他和身为性治疗师的母亲珍住在一起。在第一季中，奥蒂斯和朋友梅芙·威利在学校里开办了一个性诊所，利用他的直觉天赋为同学们提供有关性的建议。在第二季中，晚熟的奥蒂斯必须控制他新发现的性…

新的一年，奥蒂斯有了新恋情，埃里克和亚当正式牵手，珍也怀孕了。与此同时，新校长霍普试图让莫戴尔重新成为卓越的代名词，艾梅探索女权主义，杰克逊陷入单相思，丢失的语音信箱成为伏笔。为守约动物、外星现象、外阴纸杯蛋糕以及格罗夫…

在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley…